En 2003, ciudadanos y empresarios preocupados por el deterioro del Bosque de Chapultepec, crearon el Fideicomiso Pro Bosque de Chapultepec y se organizaron con el Gobierno de La Ciudad de México para colaborar en el rescate y la conservación de este hermoso lugar. Se formó El Consejo Rector Ciudadano y en conjunto, estas tres instancias a través de un plan maestro, iniciaron la recuperación. Durante quince años, hemos recaudado más de 500 millones de pesos que se han invertido en diferentes obras de rescate y rehabilitación de la Primera y Segunda Sección del bosque. La participación de empresas mexicanas y extranjeras, así como las contribuciones desinteresadas de los ciudadanos que comparten un amor genuino por el bosque, han sido de vital importancia para llevar a cabo las labores de preservación del Bosque de Chapultepec.
La rehabilitación de la Primera Sección del Bosque de Chapultepec se llevó a cabo del 2004 al 2007 bajo la dirección del Arquitecto Mario Schjetnan. El plan maestro consideró todos los aspectos: históricos, culturales, recreativos, ambientales y urbanísticos. En el plan de manejo se controló la fauna nociva, se realizó un saneamiento forestal, se hizo una limpieza profunda de lagos y canales, se disiparon los focos de concentración urbana y se remodelaron varias áreas del bosque, incluyendo museos y pasajes, entre otros.
En esta etapa se realizó el Plan de Manejo de la Segunda Sección de Chapultepec. Se hizo un saneamiento ambiental completo, se remodeló la pista de corredores "El Sope" y el área de juegos infantiles "La Tapatía", se instauró el Museo Jardín del Agua y se mejoró el sistema de fuentes.
En 2013, el arquitecto Mario Schjetnan inició el Plan Maestro de la Segunda Sección. Se llevó a cabo el eje de movilidad y de comercio y servicios así como la rehabilitación del Paseo de los Compositores y la Fuente Xochipilli, se construyó el Skatepark Constituyentes y se rehabilitó la Fuente Mito del Agua.
El 20 de marzo de 2018, se presentó el Plan Maestro de Rehabilitación de la Tercera Sección del Bosque de Chapultepec, el área más olvidada del bosque e importantísima por sus mantos acuíferos. El Plan Maestro propone acciones en los cuatro ejes rectores de preservación ecológica e hídrica, educación y recreación ambiental, servicios e infraestructura y movilidad con el objetivo de restituir su equilibrio y devolverle el valor ambiental que ha perdido.